Die Auswirkungen des von Deutschland ausgegangenen Zweiten Weltkrieges wurden durch die schweren Luftangriffe der Alliierten ab 1941 auch in Berlin spürbar. In der Nacht vom 23. auf den 24. August 1943 wurden bei einem verheerenden Bombenangriff, der große Teile des östlichen Steglitz in Schutt und Asche legte, auch die Markuskirche und die beiden angrenzenden Pfarrhäuser fast vollständig zerstört. 850 Menschen kamen bei diesem Bombenangriff ums Leben. Da das Markus-Gemeindehaus seit 1941 als Lazarett beschlagnahmt war, fanden die Gottesdienste des Markusbezirks nun im Gemeindehaus in der Mittelstraße 33 statt. Nachdem auch dieses bei einem Bombenangriff im Jahr 1944 stark beschädigt wurde, richtete Frau Klamroth in der Pfarrwohnung einen Andachtssaal her. Bis in die letzten Kriegstage, Ende April 1945, hielten die vier Markus-Pfarrer hier Gottesdienste und betreuten ihre Gemeindeglieder, wie es aus einem Bericht von Pfarrer Kamroth hervorgeht. Aufgrund des Durchhaltebefehls von Hitler wurde auch Steglitz in diesen Tagen während des Vormarsches der sowjetischen Truppen zum Kampfgebiet. Im Hof der Markusschule erschossen fanatische Nationalsozialisten noch kurz vor Kriegsende Deserteure. Am 1. Mai 1945 besetzten die sowjetischen Truppen Steglitz und beendeten damit auch hier die NS-Herrschaft.
Pfarrer Großmanns früher Protest
Steglitzer Synode und die „Judenfrage“