Die dritte altpreußische Bekenntnissynode, die vom 23. bis 26 September 1935 im großen Saal des Markus-Gemeindehauses tagte, war ein zentrales Ereignis in der Geschichte des Markusbezirks. Die Umstände dieser Synode waren besonders brisant, weil sie nur wenige Tage nach dem Erlass der Nürnberger Gesetze stattfand. Diese zementierten die Ausgrenzung der Juden in der Gesellschaft und führten zu ihrer völligen Entrechtung. Die Synode stand nun neben ihren anderen Themen vor der Frage, wie sie sich zu den Christen jüdischer Herkunft stellen sollte, die auch von diesen Gesetzen betroffen waren. Dietrich Bonhoeffer und sein Predigerseminar aus Finkenwalde reisten kurzentschlossen an, um die Synodalen in ihrer Parteinahme für die Christen jüdischer Herkunft und darüber hinaus für alle Juden zu bestärken. Einer der jungen Vikare, Gerhard Vibrans, berichtete seinen Eltern in einem Brief über diese Synode. Nach langem Ringen zu diesem Thema verteidigte die Synode in ihren Beschlüssen lediglich das Recht der Kirche, Juden zu taufen. Nur wenige Teilnehmer und Beobachter der Synode hatten ein deutlicheres Wort der Unterstützung für „nichtarische“ Christen, wenn nicht für alle rassisch Verfolgten erwartet: So war das Ziel des Synodalen Pfarrer Martin Niemöller aus Dahlem die Anerkennung der vollberechtigten Mitgliedschaft der Christen jüdischer Herkunft in der Kirche. Bonhoeffer und auch die Theologin Elisabeth Schmitz, die im Hinblick auf diese Synode die erschütternde Denkschrift „Die Lage der deutschen Nichtarier“ verfasst hatte, forderten, dass die Bekennende Kirche für alle verfolgten Juden das Wort ergreift. Diese Fragestellung lag jedoch nicht im Blickfeld der Synodalen.
Im Markusbezirk selbst gab es Menschen wie die Gemeindehelferin Elfriede Böhm, die sich für die Christen jüdischer Herkunft bzw. Ehepaare, bei denen einer der Ehepartner „nichtarisch“ war, einsetzte.
Pfarrer Großmanns früher Protest
Der Markusbezirk gegen Ende des Zweiten Weltkriegs